Zaman kegemilangan Kesultanan Patani ialah dari tahun 1584 hingga 1649 iaitu semasa Patani dibawah pemerintahan raja perempuan/sultanah yang dikenali sebagai Raja-raja Pelangi sempena warna-warna pelangi:

• Raja Hijau (1584-1616)
• Raja Biru (1616-1624)
• Raja Ungu (1624-1635)
• Raja Kuning (1635-1649)

Raja Biru (1616-1624) telah menugaskan seorang lelaki Cina-Islam yang bernama Tok Kayan (林 道乾 Lim To Khiam) untuk mengetuai pembinaan meriam-meriam kerajaan.[4] Tiga buah meriam telah dibina iaitu Sri Patani, Sri Nagara dan Mahalela. Sri Patani dan Sri Nagara mempunyai saiz yang sama manakala Mahalela pula lebih kecil iaitu hanya sepanjang 5 hasta 1 jengkal.Dan meriam Seri Nagara dan Seri Patani ini adalah meriam yang terbesar di Asia Tenggara. Meriam-meriam ini telah berjaya menyekat empat kali serangan Siam ke atas Patani iaitu pada tahun 1603, 1632, 1634 dan 1638.

Pada tahun 1631, Patani pernah menghantar bala tentera ke Ligor (Nakhon Si Thammarat) untuk membebaskan wilayah itu dari cengkaman Siam, dua buah kapal Siam berjaya dirampas dengan 2 orang Belanda. Kemudian angkatan Siam bejaya merampas kembali Ligor dari tangan Patani, tetapi 2 orang Belanda masih hilang, menyebabkan Belanda memihak kepada Siam dalam peperangan menentang Patani. Diantara serangan Siam yang terbesar ke atas Patani berlaku pada Mei 1634, dimana 60,000 bala tentera Siam melanggar Patani, tetapi angkatan Siam ini mengalami kekalahan akibat serangan kuat dari gabungan bala tentera Patani dan Portugis.

Untuk menguatkan lagi kerajaan Patani, Kerajaan Patani telah bersekutu dengan Empayar Johor-Pahang-Riau-Lingga apabila Raja Ungu yang memakai gelaran Paduka Sultanah Syah Alam telah berkahwin dengan Sultan Pahang, Sultan Abdul Ghafur dan hasil perkahwinan ini, lahirlah seorang puteri bernama Raja Kuning yang menaiki takhta Patani setelah kemangkatan bondanya pada tahun 1635. Empayar Johor-Pahang telah beberapa kali menghantar bantuan ketenteraan untuk mematahkan serangan-serangan Siam, hasilnya Patani kekal sebagai kerajaan berdaulat hingga ke akhir abad ke 18.